Відділення онкології клініки Сан-Рафаель спеціалізується на консервативному та хірургічному лікуванні злоякісних пухлин. Департамент включає підрозділи радіотерапії, клінічних досліджень та центр лікування діабету у пацієнтів з онкологічними захворюваннями.
Щорічно радіоонкологи Сан-Рафаель проводять 2000 процедур опромінення за допомогою установок IMRT, RapidArc, які допомагають зробити процедуру максимально точною.
Операції лікарі проводять за допомогою хірургічного робота або лапароскоп через кілька розрізів до 2 см.
На базі департаменту онкології працює спеціалізований центр лікування раку грудей і легень.