У відділенні гінекології проходять лікування понад 5000 пацієнтів на рік. Лікарі спеціалізуються на консервативному та хірургічному лікуванні гінекологічних хвороб.
На основі відділення гінекології Шаріте працює онкогінекологічний центр, де лікарі займаються лікуванням раку шийки матки, яєчників, тіла матки. Також у клініці функціонує спеціалізований департамент лікування ендометріозу.