Доктор Варун Малхотра отримав базову медичну освіту в Національному медичному коледжі Topiwala та лікарні BYL Nair Hospital, Мумбаї та отримав ступінь магістра з офтальмології в JJM Medical College, Davanagere, що приєднався до Університету наук про здоров’я Раджива Ганді, Бангалор, а потім отримав стипендію з рогівки, переднього сегмента та рефракційної хірургії в престижний Санкара Нетралайя , Ченнаї. Він отримав стипендію сера Ратана Тати з мікророзрізної хірургії катаракти в Санкарі Нетралайя та був науковим співробітником Zeiss-Ophthalmic Diagnostics в LV Prasad-Eye Institute, Хайдарабад. Він також навчався під керівництвом доктора Рупала Шахіна з рефракційної хірургії, який є авторитетом у цій темі. Попередній досвід Варуна включає роботу в якості консультанта в Інституті AnandEye, Гайдарабад і консультанта в Інституті очей Пушпагірі, Секундерабад